Anche per essere il punto d’arrivo dei cristiani provenienti dall’oriente, Ostia divenne sede episcopale già nel III secolo. La cattedrale era la piccola basilica di santa Aurea, dove era stata sepolta santa Monica madre di sant’Agostino. Il titulus di Santa Aurea, la più antica delle diocesi suburbicarie, veniva attribuito al Decano dei vescovi: questi poteva consacrare vescovo il nuovo papa qualora non lo fosse, ed era tradizionalmente il suo principale assistente. Il titulus di Ostia fu unito a quello di Velletri da papa Eugenio III nel 1150. Papa Pio X nel 1914 tornò a separare le cattedre e a legare Ostia alla persona del Decano.

Nella generale crisi del Medioevo anche la città e il porto di Ostia andarono in rovina. Ostia rimaneva tuttavia la porta d’accesso a Roma dal Tevere, lungo il quale risalivano pellegrini mercanti e delegazioni giunte via mare, ma anche i pirati saraceni (alla vittoria di papa Leone IV nell’849 sui Saraceni si riferisce appunto l’affresco di Raffaello nelle stanze vaticane citato sotto, che riproduce il castello com’era nel ‘500).

Il piccolo borgo fu fondato nell’830 per volere di Gregorio IV, al fine di raccogliere l’esigua popolazione ostiense e metterla al riparo dalle scorrerie dei saraceni. Andata in rovina la città, insabbiato il porto, il borgo si chiamò, dal suo fondatore, Gregoriopoli e fu difeso da una cinta muraria e munito di fossato.
Le ristrutturazioni furono diverse. Continuò a crescere nei secoli, prendendo una fisionomia sempre più urbana, per divenire infine centro fortificato in funzione delle vicine saline e del tangente corso navigabile del fiume. Con l’edificazione, voluta dal pontefice Martino V (1417-1431), del torrione rotondo che sarebbe divenuto in seguito il mastio del castello di Giulio II, Ostia si avviò a riassumere quel ruolo di controllo militare della foce del Tevere che aveva ricoperto sin dall’inizio della sua storia.
Ed è proprio in questa politica di rafforzamento delle difese territoriali che s’inserì l’intervento di rinnovamento del borgo promosso e finanziato dal cardinale Guglielmo d’Estouteville, vescovo di Ostia dal 1461 al 1483. Come rivelano gli ancora visibili stemmi marmorei con il simbolo della sua casata, egli fece ripristinare l’intero circuito murario e migliorare le condizioni residenziali costruendo 3 file di case a schiera.
La più rilevante ristrutturazione fu quella operata alla fine del ‘400 dal vescovo Giuliano della Rovere, poi divenuto papa col nome di Giulio II, che fece costruire il castello, ricostruire la chiesa e rifare la cinta muraria. Architetto di questa ristrutturazione fu, a detta del Vasari, Baccio Pontelli.
Il complesso architettonico è caratterizzato da un sistema perimetrale di casematte (camere da sparo nelle quali è ancora ben visibile un piccolo bagno per i soldati) che collega il torrione principale ad altri due torrioni, da un rivellino e da un ampio fossato circostante. Tutti gli ingressi erano muniti di ponti levatoi e quello sul rivellino presenta ancora i solchi della saracinesca.
Nel perimetro del borgo erano presenti i ruderi di una primitiva basilica, che il cardinale fece radere al suolo commissionandone la ricostruzione all’architetto Baccio Pontelli. La struttura, dedicata alla martire ostiense S.Aurea, ha al suo interno frammenti d’iscrizioni in onore di S.Monica, madre di S.Agostino, morta nella zona. Accanto alla chiesa sorge l’episcopio, sede del vescovo, ampliato con interventi d’abbellimento voluti dal cardinale Riario durante il pontificato di Giulio II. All’interno del palazzo sono conservati sarcofagi ed elementi architettonici d’età romana ed importanti cicli pittorici tratti dalla colonna Traiana, attribuiti alla scuola di Baldassarre Peruzzi.
La struttura, pur angusta, mantenne la propria funzione difensiva fino al 1587, quando una piena straordinaria deviò il corso del Tevere, lasciando a secco anche il fossato attorno alla cinta. Il castello che era stato sede di dazio e dogana divenne praticamente inutile e cadde in rovina, utilizzato come stalla e deposito solo più dai pochi contadini e pastori della zona, ormai tutta impaludata, e – la torre – come prigione, i cui “ospiti” venivano utilizzati dall’800 per scavare il sito romano.

Rocca e borgo furono restaurati in varie riprese lungo il ‘900 e costituiscono oggi una sorprendente isola urbanistica, accanto ai più famosi scavi.

La spiaggia e il Borgo di Ostia fu scelta dal famoso gruppo degli U2 per girare, nell’aprile del 1989, parte del video di “All I Want is You”, con la regia di Meiert Avis. Nel video si vede molto chiaramente il Castello di Giulio II e la Chiesa di S. Aurea, oltre che alcune panoramiche del borgo stesso.